島原薬剤師会薬局は、保険薬局が少なかった島原地区において、当時の島原温泉病院の院外処方せん発行に対応するため平成10年に（社）長崎県薬剤師会が開設した薬局です。
その後、法人制度改革を鑑み、長崎県薬剤師会の“一般社団法人”への移行を機に平成18年に、県内において運営していた薬局を、その地域の薬剤師会に運営を移譲し、現在にいたっています。経営母体が、一般社団法人島原薬剤師会ですので、利益を最優先することなく、島原半島地域の基幹薬局としての役割を求められています。
長崎県島原病院の近隣に位置するため、そちらからの処方せんの受付割合は多くなりますが、他にも多数の医療機関からの処方せんを受け付けており、地域に根差した「かかりつけ薬局」を目指しています。
現在、在宅医療の実績は十分とはいえませんが、島原薬剤師会の在宅医療拠点薬局として、無菌製剤室を完備し、会員薬局の先生方には共同利用ができるようになっています。
薬学部の学生実習の受け入れも積極的におこなっており、薬学生に対し貴重な経験の機会を提供しています。
また当薬局は（一社）島原薬剤師会の事務局を兼ねていますので、2階部分は島原薬剤師会会館となっています。理事会の開催や学校薬剤師業務に必要な備品の貸し出しなど会務に関する業務も担っています。